La Chiesa barocca di San Michele ha interno con ambiente unico, dove sono collocati tre altari, quello maggiore e due lungo le pareti laterali.

Attraverso due scale, poste ai lati dell'altare maggiore, è possibile scendere nella cripta dove, secondo la tradizione, sarebbero state deposte provvisoriamente, dall'abate Elia, le reliquie di San Nicola.

Da uno stretto passaggio ricavato nella controfacciata è possibile invece accedere allo scavo archeologico realizzato in occasione della ristrutturazione della chiesa negli anni '80: qui è possibile individuare i resti di una struttura preesistente, probabilmente la chiesa di San Benedetto.