La Chiesa abbaziale fu fondata verso la fine dell'XI secolo dai Canonici Regolari di Sant'Agostino, per dare ospitalità ai pellegrini che si recavano a Monte Sant'Angelo.

Nel 1950 fu restaurata e riaperta al culto; e da qui oggi i pellegrini che vengono da Sud cominciano il loro giro dei santuari del Gargano.

L'interno semplice, a tre navate con volte a cupole nella centrale e a semibotte nelle laterali, conserva nell'abside delle tracce di affreschi duecenteschi.